以下を確認してください。

・新しい雛形を使用して作成しているか
・ファイル名を CSV（UTF-8） で保存しているか
・無駄な行（1行目など）がないか
・環境依存文字が使われていないか
・部署登録が正しく行われているか
　- 従業員の入力履歴とCSVの部署登録を照合してください
・性別が male/female の表記になっているか

上記で解消できない場合
・企業担当者からCSVを受け取り、システム担当者アカウントで登録を試してください
・対象事業場に該当企業を選んで登録します